我在南京读的大学，在南京工作过两年，在上海工作过四年多，所以我对这两个城市的地铁都有切身体会。 我觉得上海的地铁站比南京的更加拥挤一些，尤其是早高峰，不过这是因为上海的人口是南京的两倍多（2018年末户籍人口 1493.75 万），并且上海的城市规划更合理一点。
我个人感觉南京的地铁比较混乱，比如我在南京地铁3号线试运营时坐过一次，当时人还不多，但是没过多久，我感觉地铁里就非常拥挤了；还有在南京坐公交，也是，起步价(1元钱)能到的地方很多，两站路距离很近的话甚至只要一块人民币。所以我个人感觉，南京的公共交通系统，相对于地铁更偏向于“公交化”。
而上海的地铁，虽然起步价也只要三元人民币，但是感觉上比南京要贵一些，可能是因为地铁里程数更大，也可能是乘客更多。因为南京有“离市区远点”的思路，所以在主城和外城之间，有很多高架桥、快速路，而城市交通的主干道路也比较宽阔，所以开车不会像上海那样拥堵。
但是我感觉上海的公交车就比南京的要拥挤多了，尤其是在下午四点半以后，我作为外地人经常搞不清楚，南京地铁的线路为什么那么多人排队刷卡，原来是因为这个时段大部分上班族下班了。
任皓扬优质答主实际上这是一个很难量化但是又非常容易感知的问题。如果要量化讨论的话，那还是用单位断面的最大客流量来衡量（单位：万人次/小时，可通俗地理解为每小时最多能有多少人从某一段区间通过）。根据2015年上海地铁的资料，1、2、3、4号线工作日早晚高峰小时高峰断面的客流超过3万人次。同年南京地铁1、2、3号线的小时断面客流在1.12～2.05万人次。可以预见的是这几年各自增长的客流，但目前资料尚不清晰。
如果从运营密度的角度，南京地铁的拥挤程度可能比上海的更糟糕。南京轨道交通2015年的平均各线路日均客流量达到11.6万人次/公里，而上海大约只有6.3万人次/公里。从这个数据而言，南京地铁的线路显然负担更重，因此在同样的服务水平下，南京地铁平均可能更拥挤；但从另外一个角度看，可能从南京地铁规划和建设之初，就预见到这个问题，因此可能在规划上预留了比上海稍大的车辆断面，这也可能在一定程度上解释了为什么南京地铁的车辆看起来比上海大。
当然，以上只是从定量的角度进行的分析，个人实际在两地都有乘过当地的地铁。最直观的感受是，南京地铁的“挤”往往是“挤不过去”，即一旦有换乘客流的介入，乘客很难在站台排队上车；上海地铁的“挤”是“车上站不住”，即已经上了车，但因车厢内几乎无站位，而可能需要在拥挤的人群中站全程。这可能跟“大都市”和“特大城市”的定位有关，南京的客流以通勤、生活为主，早高峰出城和晚高峰进城的潮汐特征特别明显，当不同方向的客流叠加时，可能在某些车站会瞬间聚集较大拥堵。而上海的地铁更接近于巴黎、莫斯科等世界大都市的地铁交通体系，客流的分布更加均匀，因此拥挤也更难以通过加车来解决。
